Viện Dinh Dưỡng được thành lập theo Quyết định số 181/CP ngày 13/06/1980 của Hội đồng Chính phủ. Quyết định số 230/1998/QĐ-TTg ngày 30/11/1998 của Thủ tướng Chính phủ đã xếp Viện Dinh Dưỡng là một trong 6 viện toàn quốc của ngành y tế. Viện được giao các nhiệm vụ nghiên cứu nhu cầu dinh dưỡng và cơ cấu bữa ăn người Việt Nam, đề xuất cho Nhà nước các biện pháp tăng cường sức khỏe, phòng bệnh, chữa bệnh phù hợp với nhu cầu dinh dưỡng và điều kiện phát triển kinh tế xã hội của đất nước từng giai đoạn; phân tích giá trị dinh dưỡng của thực phẩm; nghiên cứu vệ sinh ăn uống, kiểm nghiệm thực phẩm; dinh dưỡng điều trị và đồng thời đào tạo cán bộ dinh dưỡng cho đất nước.
Sự ra đời của Viện Dinh dưỡng đánh dấu một mốc quan trọng đối với ngành dinh dưỡng Việt Nam. Các Viện trưởng qua các thời kỳ gồm có GS. Từ Giấy - Thầy thuốc nhân dân, Anh hùng Lao động (1980-1993); GS, TSKH Hà Huy Khôi -Nhà giáo Nhân dân (1993-2003); GS, TS. Nguyễn Công Khẩn-Thầy thuốc ưu tú (2003-2008) và hiện nay là GS.TS Lê Thị Hợp-Thầy thuốc ưu tú.
Ngay từ khi thành lập, Viện Dinh Dưỡng đảm nhận 2 chương trình nghiên cứu trọng điểm cấp Nhà nước mã số 64-02 (1981-1985) và 64D (1986-1990). Trong các thập niên tiếp theo, Viện tiếp tục triển khai nhiều đề tài cấp Nhà nước như KH-11-09 "Nghiên cứu các giải pháp chiến lược nhằm cải thiện tình trạng dinh dưỡng và đảm bảo vệ sinh thực phẩm" (1996-2000) và KC 10-05 "Đánh giá một số yếu tố dinh dưỡng có nguy cơ ảnh hưởng đến sức khỏe cộng đồng và các giải pháp can thiệp" (2000-2006) và nhiều đề tài cấp Bộ, cấp Viện khác. Các kết quả nghiên cứu được ứng dụng trong triển khai chiến lược quốc gia về dinh dưỡng, chương trình phòng chống suy dinh dưỡng trẻ em và các can thiệp đặc hiệu khác. Những hoạt động can thiệp dinh dưỡng đã góp phần quan trọng loại bỏ tình trạng khô mắt dẫn đến mù loà do thiếu vitamin A ở trẻ em; hạ thấp tỷ lệ suy dinh dưỡng ở trẻ em dưới 5 tuổi từ 51,5% (1985) xuống còn 21,2% (2007). Tổ chức Y tế Thế giới (WHO) và UNICEF đã đánh giá Việt Nam là quốc gia duy nhất trong khu vực đạt mức giảm suy dinh dưỡng xấp xỉ mức đề ra để tiến đến Mục tiêu Thiên niên kỷ (2%/năm). Tháng 3/2008, Việt Nam được Uỷ ban Thường trực Dinh dưỡng Liên hiệp quốc chọn là nước chủ nhà và đã tổ chức thành công Hội nghị lần thứ 35 để chia sẻ kinh nghiệm phòng chống suy dinh dưỡng. Từ năm 2005 trở lại đây Viện đã xuất bản 8 đầu sách có giá trị và hàng trăm bài báo được đăng tải trên các tạp chí khoa học trong nước, 62 bài báo được xuất bản trên các tạp chí khoa học quốc tế có uy tín...
Sau hơn 30 năm phấn đấu và phát triển, Viện Dinh Dưỡng luôn hoàn thành tốt các nhiệm vụ và thể hiện là cơ quan tham mưu đắc lực cho Bộ Y tế và các Bộ Ngành khác về đường lối dinh dưỡng, làm điểm đầu mối triển khai Chiến lược quốc gia về dinh dưỡng 2001 - 2010 và chương trình phòng chống suy dinh dưỡng.
Viện Dinh Dưỡng đã được Nhà nước tặng thưởng 2 huân chương lao động hạng Nhì, hạng Nhất và nhiều bằng khen của Bộ Y tế, Bộ Khoa học Công nghệ và Môi trường, Bộ Lao động-Thương binh-Xã hội, Tổng Liên đoàn Lao động Việt Nam và của Thành phố Hà Nội. Năm 2005 Viện được tặng cờ thi đua của Bộ Y tế, năm 2006 cờ thi đua của Chính phủ. Đảng bộ Viện Dinh dưỡng được Thành ủy Hà Nội tặng cờ Đảng bộ trong sạch vững mạnh 5 năm liền 1997-2002 và các năm tiếp theo. Công đoàn được Chính phủ tặng Bằng khen các năm 2004-2007 và liên tục được tặng Cờ công đoàn vững mạnh 1993-2007. Năm 2008, Viện Dinh dưỡng vinh dự được Chủ tịch nước tặng thưởng Huân chương Độc lập hạng Ba. Do có những đóng góp to lớn và hiệu quả nói trên, ngày 11/9/2010, Viện Dinh dưỡng đã được Chủ tịch nước phong tặng danh hiệu Anh hùng Lao động. Đây là một vinh dự to lớn đối với các thế hệ cán bộ của Viện, là sự ghi nhận của Đảng và Nhà nước đối với những đóng góp to lớn của các thế hệ cán bộ khoa học Viện Dinh dưỡng đối với sự nghiệp chăm lo và bảo vệ sức khỏe của Nhân dân.