Trường được quyền tự chủ trong phạm vi trách nhiệm được giao theo phân cấp của UBND thành phố Hà Nội và tự chịu trách nhiệm trước UBND thành phố Hà Nội, Bộ Giáo dục & Đào tạo và trước Pháp luật về các hoạt động của mình.
Hiệu trưởng có quyền quyết định và chịu trách nhiệm trước UBND thành phố Hà Nội, Bộ trưởng Bộ Giáo dục & Đào tạo và trước Pháp luật về quản lý, tổ chức, điều hành toàn bộ hoạt động của nhà trường.
Trường có nhiệm vụ cụ thể sau đây:
1. Xây dựng quy hoạch, kế hoạch phát triển nhà trường:
1.1. Xây dựng quy hoạch, kế hoạch phát triển nhà trường trước mắt và lâu dài, trình UBND thành phố Hà Nội phê duyệt và tổ chức thực hiện kế hoạch sau khi được phê duyệt.
1.2. Hằng năm xây dựng chỉ tiêu, kế hoạch và dự toán ngân sách cho các công tác đào tạo, nghiên cứu khoa học của trường trình UBND thành phố Hà Nội phê duyệt và tổ chức thực hiện sau khi được phê duyệt.
2. Hoạt động đào tạo:
2.1. Trường được đào tạo và đào tạo lại cán bộ y tế có trình độ cao đẳng, trung học y - dược, đào tạo nghề Dược tá, liên kết với các trường Đại học, Cao đẳng y - dược, để đào tạo cán bộ y - dược có trình độ cao đẳng, đại học, sau đại học và đào tạo một số đối tượng khác khi được giao nhiệm vụ.
2.2. Tổ chức tuyển sinh và quản lý sinh viên theo quy chế của Bộ Giáo dục & Đào tạo.
2.3. Xây dựng chương trình đào tạo, kế hoạch giáo dục, và học tập cho các đối tượng đào tạo của trường trên cơ sở chương trình khung do Bộ Giáo dục & Đào tạo, Bộ Y tế ban hành. Tổ chức biên soạn và đề nghị phê duyệt, thẩm định các giáo trình, các tài liệu giảng dạy, học tập của trường cho các đối tượng được phép đào tạo.
2.4. Tổ chức giảng dạy, học tập và các hoạt động giáo dục khác theo mục tiêu, chương trình đào tạo được Bộ Giáo dục & Đào tạo, Bộ Y tế phê duyệt.
2.5. Thực hiện các quy chế về tổ chức đào tạo: Thi, Kiểm tra, xét lên lớp, công nhận tốt nghiệp, cấp văn bằng của Bộ Giáo dục & Đào tạo.
3. Hoạt động khoa học công nghệ:
3.1. Thực hiện nhiệm vụ nghiên cứu khoa học, và phát triển công nghệ, ứng dụng các thành tựu khoa học, kỹ thuật để nâng cao chất lượng đào tào, và chăm sóc sức khoẻ nhân dân. Tham gia giải quyết những vấn đề khoa học và công nghệ do nhu cầu đào tạo, và nhu cầu phát triển kinh tế - xã hội, an ninh, quốc phòng của đất nước đặt ra, tập trung trong lĩnh vực Y - Dược học.
3.2. Hợp tác khoa học, công nghệ với các bệnh viện, các viện nghiên cứu và các trường đại học, cao đẳng, trung học trong và ngoài nước, các tổ chức quốc tế trong đào tạo, nghiên cứu khoa học và phục vụ xã hội.
3.3. Phối hợp với các tổ chức khoa học công nghệ, các tổ chức nghiên cứu phát triển, các đơn vị sự nghiệp, các cơ sở sản xuất kinh doanh, dịch vụ tổ chức các hoạt động khoa học và công nghệ, tổ chức thực hiện các chương trình, dự án, đề tài, ứng dụng kết quả nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ, chuyển giao công nghệ, thông tin tư vấn, dịch vụ khoa học – công nghệ và nhận tài trợ theo quy định của pháp luật.
3.4. Tham gia các chương trình, dự án đề tài nghiên cứu y tế. Tổ chức đánh giá nghiệm thu các chương trình, dự án, đề tài theo quy định.
3.5. Xây dựng, tổ chức, quản lý và cung cấp các nguồn thông tin khoa học, kỹ thuật và công nghệ. Xuất bản và phát hành các tập san, tạp chí, ấn phẩm khoa học, tài liệu, giáo trình và các tài liệu học tập phục vụ cho công tác đào tạo, hoạt động khoa học – công nghệ của trường theo Luật Xuất bản, Luật Báo chí, theo quy định của Bộ Giáo dục & Đào tạo, và Bộ Y tế.
4. Hợp tác quốc tế:
4.1. Thông qua Sở Ngoại vụ, UBND thành phố Hà Nội, Vụ Hợp tác quốc tế - Bộ Y tế chủ động khai thác, thiết lập mối quan hệ hợp tác về đào tạo, nghiên cứu khoa học với các cơ sở đào tạo; trao đổi kinh nghiệm và chuyên gia trong giảng dạy, nghiên cứu khoa học; xây dựng các dự án đầu tư liên doanh, liên kết với các nước và các tổ chức quốc tế, kể cả các tổ chức phi chính phủ, trình UBND thành phố Hà Nội, Bộ Y tế phê duyệt, tổ chức, huy động nguồn lực để thực hiện các thoả thuận, các dự án theo quy định của Nhà nước.
4.2. Xây dựng kế hoạch đoàn ra, đoàn vào theo chương trình hợp tác quốc tế với trường. Cử cán bộ, học viên đi học tập, nghiên cứu, công tác ở nước ngoài và nhận giảng viên, học viên là người nước ngoài đến giảng dạy, nghiên cứu, trao đổi kinh nghiệm và học tập tại trường. Quản lý đoàn ra, đoàn vào trong phạm vi hoạt động của trường theo quy định của UBND thành phố Hà Nội, Bộ Y tế.
4.3. Tổ chức hội nghị, hội thảo, các lớp học quốc tế về các lĩnh vực thuộc phạm vi của trường quản lý theo quy định về tổ chức và quản lý hội nghị, hội thảo quốc tế tại Việt nam của Thủ tướng Chính phủ.
4.4. Việc ký kết hợp tác với nước ngoài trong lĩnh vực đào tạo tuân thủ theo quy định của UBND thành phố Hà Nội, Bộ Giáo dục & Đào tạo, Bộ Y tế và các cơ quan của Nhà nước có thẩm quyền.
5. Quản lý nguồn lực và quản lý đơn vị:
5.1. Quản lý cơ sở vật chất, trang thiết bị, tài chính của nhà trường theo quy định của pháp luật.
5.2. Đào tạo đội ngũ giảng viên đáp ứng nhu cầu trước mắt và lâu dài của trường. Quản lý và chăm lo đời sống tinh thần, vật chất của cán bộ, giảng viên, giáo viên, nhân viên, sinh viên, học sinh, đồng thời tạo điều kiện để họ tham gia các hoạt động, nhằm hoàn thành nhiệm vụ chính trị của trường.
5.3. Phối hợp với gia đình người học, các tổ chức chính trị xã hội, các cơ sở nghiên cứu khoa học, sản xuất kinh doanh, dịch vụ để xây dựng môi trường đào tạo lành mạnh, gắn đào tạo với sản xuất, đời sống xã hội.
5.4. Triển khai việc kiếm tra, thanh tra về hiệu quả đào tạo, nghiên cứu khoa học, quản lý nguồn lực theo quy định của pháp luật; thực hiện việc báo cáo với các Bộ, Ngành theo quy định.